Plusieurs types de commissions thématiques ont été mis en place depuis l’élaboration du SAGE.

Une commission thématique pérenne

Il s’agit de la commission eaux salées souterraines. Cette commission réunit les professionnels, techniciens et élus concernés par l’exploitation des ressources en eau salée souterraine du bassin versant, sur l’île de Noirmoutier et sur la frange littorale du marais breton nord.
Cette commission a été créée afin de suivre la mise en œuvre de l’enjeu « eaux salées souterraines » de la première version du SAGE, en 2004. Elle a également été mobilisée pour faire des propositions sur cette thématique pour la révision du SAGE. Elle continue à se réunir tous les ans.

D’autres commissions avaient été mises en place suite à l’approbation du SAGE en 2004 (commission « eau potable », collège des financeurs,…) mais elles ne sont plus actives actuellement.

Des commissions thématiques ponctuelles

Ces commissions thématiques sont créées ponctuellement en vue de répondre à des questions précises posées par la CLE ou le Bureau de la CLE.

Pour le moment, une seule commission thématique de ce type a été créée. Il s’agit d’une commission thématique sur l’assainissement non collectif qui a pour objectif de répondre à la question suivante : « comment accompagner les particuliers dans l’amélioration de leur installation d’assainissement non collectif ?« 

Une commission thématique dédiée à la révision du SAGE de 2004

Cette commission a été créée spécifiquement pour la révision du SAGE. Elle s’est réunie à plusieurs reprises en 2012 et 2013 pour réfléchir et faire des propositions sur un large panel de sujets : la qualité de l’eau, la qualité des milieux aquatiques, les inondations et submersions marines, …

Elle regroupe l’ensemble des acteurs du territoire concernés par la gestion de l’eau et des milieux aquatiques (soit une cinquantaine de personnes environ : chambres d’agriculture, fédérations de pêche, syndicats de marais, associations de protection de l’environnement…) et les élus membres de la CLE, garants de la continuité des travaux du SAGE (selon le même principe que pour le groupe technique).